Agissant en tant que structure d’appui à l’industrie du secteur agroalimentaire, le laboratoire de microbiologie du CTAA a pour objectif principale d’offrir aux  industriels plusieurs types de prestations analytiques avant, pendant, après transformation et en cours de conservation des produits alimentaires afin de  vérifier leurs conformité par rapport aux critères microbiologiques réglementaire.

Les principales activités du laboratoire de microbiologie du CTAA sont :

Activité (1) : Microbiologie générale et analyses courantes

Les analyses courantes réalisées au laboratoire de microbiologie limitées aux analyses d’autocontrôle et contrôle concernant :

1. Le dénombrement des bactéries tests d’hygiène générale (flore totale mésophile, ..)
2. Le dénombrement de bactéries indicatrices de contamination fécale (Coliformes totaux, Coliformes thermo tolérants, Escherichia coli, Entérobactéries, Streptocoques fécaux et Entérocoques D, Clostridium sulfito réducteur,…)
3. La recherche et dénombrement des germes pathogènes ou généralement pathogènes (Salmonella spp, Listeria spp et Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Bacilllus cereus, Clostridium perfringens,...)
4. Contrôle de l’aéro-biocontamination.

Activité (2) : Microbiologie prévisionnelle et contribution aux études de DLC et DLUO des produits alimentaires

Dans le cadre d’amélioration des produits existant sur le marché et la prolongation de leur période de conservation, le laboratoire de microbiologie en collaboration avec les laboratoires d'analyses physico-chimiques et sensorielle ainsi avec le département étude, assistance et conseils (DEAC) a développé une méthodologie concernant le développement bactérien dans les produits alimentaire.

Les Objectifs de cette activité sont :

• Acquisition et utilisation d’une méthodologie qui aidera à prévoir et à gérer le développement bactérien dans les produits alimentaires 
• Réduction du risque microbiologique par l’application de différents procédés barrières et par une meilleure compréhension des mécanismes de stress bactérien.
• Etude des différents paramètres physico-chimiques influant le développement des microorganismes pathogènes et d’altérations dans les différents produits.
• Déterminer d’autres facteurs peu connus qui peuvent participer à l’altération du produit

Le laboratoire de microbiologie est impliqué dans le domaine de la recherche et développement pour mettre en disposition aux industriels :

1. Des solutions techniques de contrôles pour résoudre les problèmes de fabrication qui influe sur la qualité du produit 
2. Des analyses spécifiques régulières des indicateurs microbiens d’altération pour assurer la qualité microbiologique des produits 
3. la validation analytique des procédés de fabrication pour la mise au point de nouveaux produits sur le marché 
4. Pour satisfaire les besoins des industriels et répondre aux exigences du consommateur, les recherches effectuées au laboratoire de microbiologie propose une évolution technique rapide, qui génère notamment un gain de temps précieux en appliquant des méthodes alternatives rapides.